1、菏泽市立医院（三甲）
菏泽市立医院（山东省立医院集团菏泽医院）始建于1946年，是一个有着光荣革命传统的医院。历经75年的发展，市立医院已成为我市集医疗、教学、科研、急救、预防、保健和技术指导于一体的综合性三级甲等医院，医院占地总面积10.666667万平方米，建筑总面积12.8260万平方米，西安路总院区开放床位1792张，脑科医院开放床位400张。医院现有职工2952人，其中正高级职称140人，副高级职称433人，中级职称1259人；博士研究生19人，硕士研究生727人，本科1891人。专业技术人员2807人，卫生技术人员2614人，
2、菏泽市中医医院（三甲）
菏泽市中医医院始建于1975年，1979年正式开诊，是一所三级甲等综合性中医医院。
3、菏泽市妇幼保健院（三级）
菏泽市妇幼保健院（菏泽市妇女儿童医院）始建于1951年4月，占地120亩，规划建筑面积11 万平方米，设置床位800张，职工1200人。一期建筑面积3.1万平方米已投入使用，现有干部职工300人，开设床位200张。
4、菏泽市牡丹人民医院（三乙）
菏泽市牡丹人民医院始建于1949年10月，是一所集医疗、教学、康复、保健、医养结合为一体的三级乙等综合医院，医院分为总院区、中华路院区、枫叶正红院区三个院区。总院区占地面积127亩，建筑面积9万平方米，开放床位1200张。现有干部职工1820人，其中卫生专业技术人员1544人；其中正高职称28人，副高职称89人，中级职称482人；有硕士研究生112人。
5、菏泽市定陶区人民医院（三级）
菏泽市定陶区人民医院（菏泽市第四人民医院）成立于1949年8月， 医院占地面积3.8万平方米，建筑面积6万余平方米，固定资产总额3.26亿元，编制床位800张，开放床位900张。现有在职职工1038人，其中卫生专业技术人员853人，高级职称71人，中级职称278人，硕士31人，本科290人，市县级拔尖人才2名。执业医师285人。
6、菏泽医专附属医院（三级）
菏泽医专附属医院是经山东省卫健委批准成立的一所集医疗、养老、康复、教学、科研和培训为一体的公办非营利性三级综合医院，是菏泽市职工和城乡居民医保定点医院，占地325亩，总投资8亿元，建筑面积12.8万平方米，医院拥有高级职称人员104人；硕士以上学历人员146人。
7、菏泽鲁心心脑血管病医院（三级）
菏泽鲁心心脑血管病医院（简称鲁心医院）是由菏泽市卫生计生委审批的三级心脑血管病专科医院，设置床位150张，拥有各类专业技术人员100余人，其中中高级专业人员40余人。
8、菏泽市第二人民医院（二甲）
菏泽市第二人民医院始建于1971年，历经近半个世纪的风雨历程，现已成为集医疗、教学、科研、急救、预防保健、职业健康诊断为一体的综合性二级甲等医院。占地面积55亩，规划总建筑面积14.85万平方米，现有建筑面积4.65万平方米。10.2万平方米的门诊医技病房楼已批准立项，近期将开工建设。我院现有职工632人，其中具有副高以上职称人员84人、中级职称266人。
9、菏泽市第三人民医院(菏泽市精神卫生中心)（二甲）
菏泽市第三人民医院(菏泽市精神卫生中心)始建于1971年，是一所专门治疗脑部疾病（精神疾病、脑血管病）、交通创伤为主，集医疗、教学、科研、防治为一体的大专科小综合性医院。是全市唯一的精神卫生中心。医院拥有高级技术人员34人，中级122人。
